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OpenAnonymizer ist ein Softwarewerkzeug für die k-Anonymisierung medizinischer Daten.

Dabei wird eine gegebene Menge von Datensätzen in eine k-anonyme Menge von Datensätzen mit minimalem Informationsverlust transformiert, wobei die Parameter für die Berechnung des Informationsverlustes von den Benutzern vorgegeben werden. Das Projekt umfasst die Weiterentwicklung dieses Tools.

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Biobanken, die menschliche biologische Proben wie Gewebe, Blut oder Körperflüssigkeiten sowie damit assoziierte Daten beinhalten, sind eine essentielle Ressource um die Funktion und medizinische Relevanz von menschlichen Genen zu bestimmen.

Besonders bedeutend sind Biobanken, welche qualitativ hochwertige normale als auch erkrankte Gewebe beinhalten. In diesen Geweben sind die Informationen über jene genetischen und epigenetischen Veränderungen, sowie Veränderungen der Genprodukte, die eine Erkrankung verursacht und ihren Verlauf bestimmt haben, noch enthalten. Umfangreiche Gewebesammlungen gewähren einen Einblick in die große Variabilität von menschlichen Erkrankungen sowie deren unterschiedliches Ansprechen auf Behandlungen. Sie sind somit eine essentielle Grundlage für die Weiterentwicklung einer individualisierten Medizin. Die Etablierung von Biobanken hat sich weltweit bisher auf Blutproben konzentriert, während Gewebebanken nur fragmentarisch, in unterschiedlicher Größe, mit uneinheitlicher Probenzusammensetzung sowie nach unterschiedlichen Standards und Zielen aufgebaut wurden. Auf Grund dieser Mängel von isoliert aufgebauten Biobanken wurde der Etablierung eines internationalen Netzwerkes von Bio(Gewebe)banken eine hohe strategische Priorität eingeräumt; nicht nur um den wachsenden Bedarf an derartigen Ressourcen zu decken, sondern auch um die Effizienz der medizinischen Genomforschung zu steigern und Forschungskosten zu reduzieren. Wir planen eine der weltweit größten Sammlungen von erkrankten humanen Geweben, die bereits an der Med. Universität Graz besteht, zu einem OECD Biologischen Ressourcenzentrum weiterzuentwickeln, das spezifisch auf die Unterstützung von systembiologischen Forschungsansätzen, die Entwicklung von Medikamenten und die Verbesserung der Volksgesundheit ausgerichtet ist. Da menschliches Gewebe eine äußerst begrenzt verfügbare Ressource ist, wird besonderes Augenmerk auf eine gut koordinierte Analyse der Proben gelegt, so dass zukünftig qualitativ hochwertige Daten, die aus den Geweben gewonnen wurden, anstelle des Gewebes selbst für Forschungszwecke zur Verfügung gestellt werden können. Die zentralen Komponenten von GATiB umfassen: 1) archivierte Gewebeproben, die mit Daten über den Krankheitsverlauf und weiteren medizinischen Daten assoziiert sind, 2) prospektiv gesammelte Gewebe und Blutproben mit dazugehörigen Daten über die Erkrankung des Patienten sowie über einwirkende Umweltfaktoren, 3) Tiermodelle, die auf molekularer Ebene hinsichtlich ihrer Relevanz für menschliche Erkrankungen überprüft wurden und 4) IT-Werkzeuge, die Probendokumentation, Datenspeicherung und Datensuchen unterstützen sowie die Anonymität der Probenspender schützen. Die Entwicklung von GATiB wird von Erfahrungen geleitet, die aus Forschungsprojekten über Brustkrebs und stoffwechselbedingte Lebererkrankungen, sowie aus Analysen der wichtigsten Biobanken in Europa, USA, Asien und Australien gewonnen werden. Besonders beachtet wird auch das soziale, ethische und politische Umfeld von GATiB, um eine gute gesellschftliche Integration dieser wichtigen Ressource auf nationaler und internationaler Ebene zu ermöglichen.

• Medizinische Universität Graz, GENDER:UNIT

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Biobanken, die menschliche biologische Proben wie Gewebe, Blut oder Körperflüssigkeiten sowie damit assoziierte Daten beinhalten, sind eine essentielle Ressource um die Funktion und medizinische Relevanz von menschlichen Genen zu bestimmen.

Besonders bedeutend sind Biobanken, welche qualitativ hochwertige normale als auch erkrankte Gewebe beinhalten. In diesen Geweben sind die Informationen über jene genetischen und epigenetischen Veränderungen, sowie Veränderungen der Genprodukte, die eine Erkrankung verursacht und ihren Verlauf bestimmt haben, noch enthalten. Umfangreiche Gewebesammlungen gewähren einen Einblick in die große Variabilität von menschlichen Erkrankungen sowie deren unterschiedliches Ansprechen auf Behandlungen. Sie sind somit eine essentielle Grundlage für die Weiterentwicklung einer individualisierten Medizin. Die Etablierung von Biobanken hat sich weltweit bisher auf Blutproben konzentriert, während Gewebebanken nur fragmentarisch, in unterschiedlicher Größe, mit uneinheitlicher Probenzusammensetzung sowie nach unterschiedlichen Standards und Zielen aufgebaut wurden. Auf Grund dieser Mängel von isoliert aufgebauten Biobanken wurde der Etablierung eines internationalen Netzwerkes von Bio(Gewebe)banken eine hohe strategische Priorität eingeräumt; nicht nur um den wachsenden Bedarf an derartigen Ressourcen zu decken, sondern auch um die Effizienz der medizinischen Genomforschung zu steigern und Forschungskosten zu reduzieren. Wir planen eine der weltweit größten Sammlungen von erkrankten humanen Geweben, die bereits an der Med. Universität Graz besteht, zu einem OECD Biologischen Ressourcenzentrum weiterzuentwickeln, das spezifisch auf die Unterstützung von systembiologischen Forschungsansätzen, die Entwicklung von Medikamenten und die Verbesserung der Volksgesundheit ausgerichtet ist. Da menschliches Gewebe eine äußerst begrenzt verfügbare Ressource ist, wird besonderes Augenmerk auf eine gut koordinierte Analyse der Proben gelegt, so dass zukünftig qualitativ hochwertige Daten, die aus den Geweben gewonnen wurden, anstelle des Gewebes selbst für Forschungszwecke zur Verfügung gestellt werden können. Die zentralen Komponenten von GATiB umfassen: 1) archivierte Gewebeproben, die mit Daten über den Krankheitsverlauf und weiteren medizinischen Daten assoziiert sind, 2) prospektiv gesammelte Gewebe und Blutproben mit dazugehörigen Daten über die Erkrankung des Patienten sowie über einwirkende Umweltfaktoren, 3) Tiermodelle, die auf molekularer Ebene hinsichtlich ihrer Relevanz für menschliche Erkrankungen überprüft wurden und 4) IT-Werkzeuge, die Probendokumentation, Datenspeicherung und Datensuchen unterstützen sowie die Anonymität der Probenspender schützen. Die Entwicklung von GATiB wird von Erfahrungen geleitet, die aus Forschungsprojekten über Brustkrebs und stoffwechselbedingte Lebererkrankungen, sowie aus Analysen der wichtigsten Biobanken in Europa, USA, Asien und Australien gewonnen werden. Besonders beachtet wird auch das soziale, ethische und politische Umfeld von GATiB, um eine gute gesellschftliche Integration dieser wichtigen Ressource auf nationaler und internationaler Ebene zu ermöglichen.

• Medizinische Universität Graz
• Universität Wien

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Ziel von BBMRI ist es europäische Biobanken miteinander zu vernetzen. Diese Biobanken speichern einerseits biologisches Material (Gewebe, Blut, usw) und damit verbundene medizinische Daten, andererseits aber auch wichtige biomolekulare Ressourcen (Sammlungen von Genen, Antikörper, Zellkulturen, usw).

Aufgrund dieser Menge an biologischem Material und den dazugehörenden Daten sind diese Biobanken und deren Vernetzung äußerst wichtig für die Forschung in Biowissenschaften und in der Medizin. Der Aufbau eines Netzwerkes von europäischen Biobanken ist die Voraussetzung für die Entwicklung von neuen Therapiemethoden. Darüber hinaus macht eine Föderation von Biobanken auch den Schritt in Richtung personalisierter Medizin möglich. Durch die Einzigartigkeit und die begrenzte Verfügbarkeit von Gewebe, Blut, usw. müssen diese Ressourcen optimal und effizient genützt werden, dh. dass aus diesen Proben gewonnene Daten sowohl für akademische als auch für gewerbliche Forschung in Europa zur Verfügung gestellt werden sollen. Die geplante Forschungsinfrastruktur im Projekt BBMRI zielt aus diesem Grund auf die Errichtung eines Netzwerkes von bestehenden (aber auch neu entstehenden) Biobanken und biomolekularen Ressourcen ab. BBMRI sollte optimal in den europäischen Forschungsraum integriert werden und insbesondere auf ethische, rechtliche und gesellschaftliche Aspekte bzw. Einschränkungen Rücksicht nehmen.

• Universität Wien, Interdisciplinary Research Platform Life-Science-Governance
• Bundesministerium für Wissenschaft und Forschung, Abt. III/2
• Dutch Federation of University Medical Centers
• Ensembl Functional Genomics, European Genotype Archive
• deCODE genetics
• Medizinische Universität Graz
• Uppsala Universitet
• National Public Health Institute
• UK Biobank Ltd
• Helmholtz Gemeinschaft
• Karolinska Institutet

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Temporales Strukturwarehouse für OLAP Werkzeuge

• shm-siemens health management gmbh

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EU Network of Excellence on Interoperability Research for Networked Enterprises Applications and Software

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Temporal Data Warehouse

• Poznan University of Technology, Institute of Computing Science

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Building an Object-relational Datawarehouse System

• Poznan University of Technology, Institute of Computing Science

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Integrated Static and Dynamic Modeling of Information Systems

• Instituto di Analisi dei Sistemi ed Informatica, Consiglio Nazionale delle Ricerche

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Das Projekt baut auf den im Projekt PALENQUE geschaffenen Strukturen auf.

Es ermöglicht den transatlantischen Austausch von Diplomanden und Dissertanten in den von den Partneruniversitäten ausgeschriebenen Gebieten des Software-Engineerings im Rahmen des EU-Programms ALFA.

• Universidad Nacional Autonoma de Mexico (UNAM)
• Pontificia Universidad Católica de Chile
• Politecnico di Milano, Dipartimento di Energetica (eERG)
• Universidad del Cauca
• Universidade Federal do Rio Grande do Sul
• Technische Universität Wien
• University of York
• Universidade Estadual de Maringá

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