Data Provenance and Quality (Biobanken)
Biobanken lagern Biomaterialien (von Lebewesen entnommene Proben) und stellen diese der Forschung zur Verfügung. Die Verwendbarkeit des Materials für eine bestimmte Studie und den damit verbundenen Untersuchungen wird nicht nur durch die Art des Materials und Tauglichkeit des Spenders bestimmt, sondern auch durch die Qualität der Probe. Diese Qualität wird stark durch die handelnden Personen und Prozeduren während Gewinnung, Verarbeitung, Transport und Lagerung der Probe beeinflusst. Beispielsweise sind bestimmte labortechnische Methoden nicht mehr anwendbar wenn eine Probe nach der Entnahme nicht innerhalb einer Stunde eingefroren wurde.
Ziel der Arbeit ist es, Forscher dabei zu unterstützen die richtigen Proben innerhalb einer Biobank zu finden, indem sie neben der Material- und Spenderbeschreibung zusätzlich die benötigte Qualität angeben können.
Ausgangssituation/Szenario:
- Entnahme, Verarbeitung, Transport, Vorbereitung und Lagerung von Proben ist ein definierter Prozess (der Prozess wird von uns vorgegeben, bzw. aus bestehenden Standards abgeleitet)
- während dieses Prozesses werden Daten erhoben und gespeichert (~Provenance Informationen, Log, …)
- aus diesen Daten können qualitative Aussagen abgeleitet werden (z.B. eingefroren innerhalb einer gewissen Toleranzspanne, von einem Experten)
- dies ermöglicht die Suche nach Proben unter Berücksichtigung von definierten Qualitätskriterien
Erwartete Ergebnisse:
- Entwurf eines Provenance-Modells für den Anwendungsfall (welche Informationen werden zu welchem Prozess-Schritt benötigt/erzeugt/gespeichert)
- Entwurf eines Qualitäts-Modells, zur Beschreibung der Qualität der verfügbaren Informationen
- Abbildung des Modells in einer Datenbank; Erzeugung von Testdaten
- Prototyp: Implementierung einer Suchoberfläche mit Filtern; Suchanfrage inkl. Qualitätskriterien erzeugt entsprechende Query, welche passende Proben liefert)
Kontakt: Prof. Johann Eder, Dr. Horst Pichler
